Marco Motta nasce a Merate il 14 maggio del 1986. Inizia la sua carriera calcistica nelle file della squadra F.C. Usmate, per poi passare nelle giovanili dell'Atalanta. Esordisce in Serie A con la squadra bergamasca a 18 anni, il 9 gennaio 2005 contro la Roma, mostrando da subito le sue qualità di ottimo terzino di spinta, dotato anche di discreta tecnica. Dopo 19 presenze in maglia atalantina nel campionato 2004-2005, passa in comproprietà all'Udinese, ma nella prima stagione in Friuli non trova molto spazio, a causa di un infortunio. Nel campionato 2006-2007 raggiunge le 16 presenze. Nell'agosto del 2007, dopo averlo riscattato dall'Atalanta, l'Udinese cede Motta in prestito al Torino. Nel 2008, a 22 anni, torna all'Udinese per fine prestito. Il 1° febbraio 2009, la Roma lo preleva in prestito gratuito, con la possibilità di trattenere il giocatore in comproprietà versando 3,5 milioni di euro nelle casse della società friulana. Il giocatore è stato inserito da subito nella lista per la Champions League. L'8 febbraio 2009 debutta in maglia giallorossa, facendo un'ottima partita e dimostrando le sue buone doti. Già protagonista in tutte le nazionali giovanili, esordisce in Nazionale Under-21 nel 2005, con il tecnico Claudio Gentile. Nel 2007 prende parte all'Europeo Under-21, convocato dal c.t. Pierluigi Casiraghi. Dopo l'Europeo, con l'inizio del nuovo ciclo degli azzurrini, diventa il capitano della squadra per il biennio 2007-2009. Nel 2008, con la Nazionale Olimpica, dopo aver vinto il Torneo di Tolone, prende parte ai Giochi olimpici di Pechino, dove l'Italia viene eliminata ai quarti di finale. Il 9 settembre segna di testa, sugli sviluppi di un calcio d'angolo, il suo primo gol con l'Under-21 contro la Croazia.